Centralne Muzeum Morskie przyjmuje za swoje posłannictwo ochronę dziedzictwa nautologicznego, poprzez gromadzenie i zabezpieczanie zabytków związanych z żeglugą, szkutnictwem, okrętownictwem, rybołówstwem oraz upowszechnia wiedzę o nich, a także o morskiej historii Polski i jej gospodarce.
Muzeum realizuje swoją misję poprzez prace badawcze, konserwację zabytków, organizację wystaw i uczestnictwo w stowarzyszeniach muzealniczych.
Muzeum stara się skupić wokół siebie ludzi, instytucje, urzędy i firmy związane z gospodarką morską, tak aby móc przy ich wsparciu realizować swoje cele i wypełniać wyznaczoną misję.