Warszawskie Muzeum Farmacji zostało założone w roku 1985. Od roku 2002 jest Oddziałem Muzeum Historycznego m.st. Warszawy.
Stałą ekspozycję stanowi oryginalne wyposażenie izby ekspedycyjnej i laboraturium aptecznego z lat 30. XX wieku, oraz najstarsze, zachowane w Warszawie meble apteczne pochodzące z przełomu XVIII i XIX wieku. Meble były wyposażeniem nieistniejącej już dziś apteki działającej prawdopodobnie od 1835 r., na parterze kamienicy Ambroszkiewicza przy placu Trzech Krzyży.
Wystawę uzupełniają dziewiętnastowieczne kryształowe i porcelanowe słoje, wazoniki i puszki apteczne, oraz kobaltowe butle do przechowywania koniaków i leżakowania wód aromatycznych, pigulnice, moździerze i perkolatory. Najstarszymi obiektami są naczynia pochodzące z Apteki Królewskiej działającej od 1602 roku przy Bramie Krakowskiej. Muzeum posiada bogatą kolekcję reklam farmaceutycznych i oryginalnych opakowań na leki.
Farmację niekonwencjonalną reprezentuje stała wystawa „Apteczki i leki japońskich wędrownych aptekarzy”. Stała ekspozycja wzbogacana jest organizowanymi regularnie wystawami czasowymi o tematyce związanej z szeroko pojętą historią farmacji.
Muzeum posiada również bogatą ofertę edukacyjną adresowaną do różnych grup wiekowych począwszy od przedszkolaków, aż do Uniwersytetu Trzeciego Wieku.