Od lutego 2009 r. Muzeum II Wojny Światowej ma tymczasową siedzibę w ciągu historycznych kamienic przy ulicy Długiej 81-83, odbudowanych po 1945 r. z wojennej pożogi. Jest to ścisłe centrum Głównego Miasta – dzielnicy Gdańska, położonej wzdłuż Drogi Królewskiej – historycznego traktu wiodącego od Bramy Wyżynnej, poprzez Złotą Bramę, ulicę Długą i Długi Targ, ku Zielonej Bramie, która w okresie I Rzeczpospolitej pełniła funkcję rezydencji królów polskich przybywających z wizytą do miasta. Siedziba Muzeum położona jest w początkowej części Drogi Królewskiej, w kamienicach zlokalizowanych po lewej stronie Złotej Bramy, przez którą turysta wkracza w ulicę Długą zmierzając w kierunku Motławy. Jest to miejsce o bardzo dogodnym usytuowaniu komunikacyjnym – położone ok. 10 minut pieszo od linii tramwajowej i przystanków komunikacji miejskiej oraz ok. 20 minut spacerem od dworca PKS i dworca PKP Gdańsk Główny.
Docelowa siedziba Muzeum II Wojny Światowej powstanie przy ul. Wałowej w miejscu obecnej pętli autobusowej, w pobliżu Pomnika Poległych Stoczniowców. Placówka przedstawiać będzie tragiczne losy Polski i jej obywateli w okresie 1939-1945 na szerokim tle europejskim. Jej integralną częścią będzie Muzeum Pola Bitwy na Westerplatte, które w przyszłości stanie się częścią Muzeum. Akt Erekcyjny Muzeum II Wojny Światowej uroczyście podpisał na Westerplatte w dniu 1 września 2009 r. Prezes Rady Ministrów Donald Tusk podczas oficjalnych obchodów 70-lecia wybuchu II wojny światowej.
Gdańsk został wybrany nieprzypadkowo na siedzibę Muzeum II Wojny Światowej. Właśnie tutaj 1 września 1939 r. salwami pancernika Schleswig-Holstein rozpoczął się konflikt zakończony cierpieniem i śmiercią milionów ludzi. Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej niemieckie władze Wolnego Miasta Gdańska zmusiły swoich obywateli narodowości żydowskiej do sprzedaży majątku oraz emigracji. Na skutek planowej akcji okupacyjnych władz niemieckich, ofiarą wypędzeń padli jako pierwsi w czasie wojny polscy mieszkańcy pobliskiej Gdyni. Ten sam los stał się w najbliższych latach udziałem milionów osób różnych narodowości.
Wystawy
Obecnie Muzeum dysponuje wyłącznie powierzchnią biurową i nie prowadzi w swojej siedzibie ekspozycji wystawienniczej. Wystawy są organizowane na wolnym powietrzu oraz z wykorzystaniem przestrzeni ekspozycyjnej w innych instytucjach.
1 września 2009 r. na Westerplatte, które było pierwszym polem bitwy tej wojny, otwarta została monumentalna, nowoczesna wystawa plenerowa poświęcona 300-letnim dziejom półwyspu, ale głównie walce polskich żołnierzy z Wojskowej Składnicy Tranzytowej.