Muzeum prezentuje ponad 50 tysięcy eksponatów, m.in. fotografie, pocztówki, przedmioty kultury materialnej, dokumenty, mapy i plany, plakaty, dzieła sztuki (malarstwo, grafika, rysunek, tkanina), medale. Eksponaty obrazują historię miasta, portu i mieszkańców oraz całego Pomorza. Dział Oświatowy dysponuje ponad 100 gotowych fotogramów wystawowych dokumentujących wygląd miasta w latach 1920-1939, zniszczenia portu w 1945 r., zbiorem filmów dokumentalnych, kolekcją przeźroczy tematycznie dotyczących historii miasta, na bieżąco jest w nim prowadzona dokumentacja video wydarzeń w mieście, organizowanych przez Muzeum wystaw, a także nielicznie zachowanych na terenie miasta dawnych urządzeń i obiektów technicznych. Muzeum posiada cenne pamiątki po kilku znanych postaciach polskiej gospodarki i życia artystycznego. Jedną z ciekawszych kolekcji są przewodniki i informatory gdyńskie i pomorskie ukazujące się od początku XX w. Biblioteka muzealna posiada obszerny i ciekawy księgozbiór dotyczący szeroko pojetej historii regionu.
Ekspozycje dotyczące życia na Kaszubach lub nawiązujące do największych wydarzeń kulturalnych prezentowane są w Domku Abrahama, w którym mieszkał pod koniec życia i zmarł Antoni Abraham, wielki kaszubski działacz niepodległościowy. Wystawy czasowe prezentowane są także w oddziale muzeum na terenie centrum rozrywki ‘Gemini’.
Muzeum Miasta Gdyni prowadzi zakrojoną na szeroką skalę działalność popularyzatorsko-oświatową i pod tym właśnie kątem przygotowanych jest wiele ekspozycji. Wystawom towarzyszą lekcje muzealne adresowane głównie do młodzieży szkolnej, wydawane są foldery i informatory.
Muzeum ma w swojej ofercie miedzy innymi lekcje muzealne które maja na celu przybliżyc historię miasta.Warsztaty z czytania bajek oraz warsztaty kuchenne.
