Oddział Etnografii przy ówczesnym Muzeum Pomorskim w Gdańsku powstał w 1958 roku. Pierwsze wystawy etnograficzne udostępniono w gmachu przy ul. Toruńskiej już w 1959 roku. W 1965 roku Oddział Etnografii przenosi się do odbudowywanego Pałacu Opatów w Oliwie i jesienią, jeszcze w trakcie prac budowlanych, organizuje wystawę ”Sztuka ludowa Pomorza Gdańskiego XVIII-XIX wieku”. W 1988 siedzibą Oddziału Etnografii zostaje wyremontowany Spichlerz Opacki. W nowej siedzibie eksponowana jest stała wystawa etnograficzna ”Kultura ludowa Pomorza Gdańskiego” i prezentowane są wystawy czasowe.
Działalność wystawiennicza Oddziału Etnograficznego koncentruje się wokół trzech zagadnień – tematyka regionalna, kresowa oraz związana z mniejszościami narodowymi i etnicznymi. Tak skonstruowany program pozwala prezentować publiczności zarówno najbliższy region, jak i szerszą perspektywę kulturowo-historyczną.
W celu popularyzacji wiedzy o regionie pracownicy Oddziału prowadzą zajęcia dla szkół w formie lekcji, warsztatów i pokazów. Oddział roztacza też opiekę nad regionalnymi twórcami ludowymi poprzez udział w licznych konkursach na sztukę ludową. Uzupełnianiu kolekcji miejscowej sztuki i obiektów kultury materialnej służą przeprowadzane regularnie własne badania terenowe.