Zbiory, nad którymi pieczę sprawuje najstarsze muzeum narodowe w Polsce liczą blisko 780 tysięcy eksponatów. Z liczby tej ponad 300 tysięcy stanowi kolekcja Muzeum i Biblioteki Książąt Czartoryskich, zarządzana przez MNK.
"Misją Muzeum jest świadczenie o wartościach narodowych i ogólnoludzkich poprzez upowszechnianie sztuki światowej i polskiej, zwłaszcza ośrodka krakowskiego, oraz poprzez działania muzealne obejmujące kolekcje i dzieła o wartości naukowej, historycznej i artystycznej, powstałe jako rezultat przekonań tych, których łączy poczucie przynależności lub uznanie dla kultury polskiej – bez względu na miejsce zamieszkania, narodowość czy wyznanie".
Muzeum jest otwarte na odwiedziny najmłodszych. Posiada bogatą ofertę edukacyjną dla nich skierowaną, a od kilku lat wydaje przewodniki dla dzieci, które w przystępny sposób przedstawiają sylwetki polskich artystów i ich dzieła oraz zbiory samego muzeum.